[AkP]

тут у вас 2-е разные проблемы.

1.
Это проблема 1С, ей все равно какой принтер установлен по умолчанию, у нее он свой, она запоминает последний использовавшийся и считает его принтером по-умолчанию и он может отличаться от принтера по-умолчанию в ОС. Из ОС она его берет. только тогда, когда у нее самой отсутствует нужная запись.
Кроме того 1С пытается проверить ВСЕ доступные ей (пользователю) принтеры, и если какие то недоступны, возникают таймауты в виде ..."зависает печать где то 1-2 мин...
Это не лечится в принципе. Только организационно, у пользователя в сессии !!не должно!! быть лишних принтеров вообще, только свой.

2. Это собственно проблема организации печати, которая у вас явно имеется.
Дело в том, что автоматическое подключение действиельно не всегда работает корректно, особенно не дружат терминалы с некоторыми типами принтеров, НО, при автоподключении диспечер очереди печати сервера не задействован. Не буду вдаваться в подробные объяснения, но правильно подключённый принтер должен жить в HKCU\Printers\Connections, при этом портов в свойствах сервера печати на сервере быть не должно. Когда вы вручную подключаете принтер на сервере и делаете его сервером печати, принтеры помещаются в HKLM\System\C..C..S\Cpntrol..... Ну вы поняли, такие принтеры доступны всем пользователям сервера и не могут быть удалены (а соответсвенно видны в 1С и при недоступности мы имеет большие таймауты).
Вообще крайне не рекомендуется использовать один и тот же сервер, как сервер терминалов и как сервер печати. Если нет возможности использовать как сервер печати - другой сервер, то подключать принтеры нужно из сессии пользователя.
Простейший "авто" способ, это под пользователем - пуск\выполнить\2-е палки имя компьютера пользователя\2 раза тыркнуть по расшареному там принтеру Но с административной точки зрения это не удобно, значит скриптами записывать нужное в HKCU, но при этом возможны проблемы с драйверами, либо необходимо разрешить политиками пользователям добавлять драйвера принтеров.