superman_md, я так понимаю, запуск установки производится из 32-разрядного образа WinPe?
Если да, то думаю проблема в том что все операции предназначенные для 64-образа, "читаются" из секции "x86" файла ответов. Почему? - из-за 32-битного WinPE.
Да и вообще, следует создавать для каждой архитектуры отдельные файлы ответов. У меня были, к примеру, ошибки на этапе specialize - не запускались 32-битные exe-шки (развернутый образ x64). После того как пробовал отдельные настройки, все заработало. Пробуй и ты
Как добавить второй boot.wim немного здесь
http://forum.oszone.net/post-1561544-64.html