было бы неплохо проверить температурный режим у процессора и видеокарты (Everest/AIDA64/Speccy/посмотреть в BIOS для процессора)
проверить кабель жесткого диска (был случай, когда система нещадно тормозила - виновником оказался выпавший sata-кабель)
программы: тест ОЗУ
memtest86+, тест винчестера
vivard, victoria, hdd scan. разумеется для полноты проверки необходимо это делать с загрузочного носителя
вот еще материал по теме:
ссылка