Распаковать непосредственно в разные папки не получится. Причины:
- для х86
%ProgramFiles%\\Программа=
c:\Program Files\\Программа
- для x64
%ProgramFiles%\\Программа окажется =
c:\Program Files (x86)\\Программа, а нужно указать
%ProgramW6432%\\Программа=
c:\Program Files\\Программа
Но выход есть. Нужно убрать в конфиге параметр
InstallPath - это вызовет распаковку во временную папку.
Если распаковываемый набор един для обеих разрядностей, то далее так:
Код:

SetEnvironment="PFx86=%ProgramFiles%\\Программа"
SetEnvironment="PFx64=%ProgramW6432%\\Программа"
...
RunProgram="x64:hidcon:xCopy * \"%PFx64%\\\" /s /e /i /y"
RunProgram="x86:hidcon:xCopy * \"%PFx86%\\\" /s /e /i /y"
Если распаковываемые наборы разные для каждой разрядности, то каждый набор поместить в соответствующую разрядности папку и далее так:
Код:

SetEnvironment="PFx86=%ProgramFiles%\\Программа"
SetEnvironment="PFx64=%ProgramW6432%\\Программа"
...
RunProgram="x64:hidcon:xCopy x64\\* \"%PFx64%\\\" /s /e /i /y"
RunProgram="x86:hidcon:xCopy x86\\* \"%PFx86%\\\" /s /e /i /y"