[Amigos]

если я начну копировать эти файлы то процесс остановится на поврежденном файле? »

зависит от того, чем копировать.
Стандартное копирование Windows увы для этого не годно — оно останавливается на первой ошибке (то есть если сбойных файлов более одного, то "найдётся" только первый) и выдаёт только имя не читаемого файла, а в какой папке этот не читаемый файл находится — нужно искать.

Поэтому я и упомянул "копирование файловым менеджером" — тут будет и указание пути и имени сбойнувшего файла и возможность продолжить копирование (и найти остальные сбойнувшие файлы, если они есть) после первой ошибки копирования.

меня интересует конкретный способ (с примером программ или скриптов) проверки целостности даннх в файлах. »

вам нужен sfc /scannow - проверка целостности системных файлов но не для текущей системы, а для офф-лайновой?
Я бы тоже от таковой не отказался, но увы, задачи подобного уровня мне не по зубам.

и в нем МОЖЕТ БЫТЬ или СКОРЕЕ ВСЕГО и есть проблема появления BSOD ? »

Windows вообще и любая программа под неё в частности, сколько нибудь адекватно может фунциклировать при условии "то, что мы записываем на диск"="тому, что мы потом с этого диска прочитаем"
Если это условие не выполняется, то … что будет неизвестно.
Вообще никак не известно.
Может будет BSOD с указанием "косого" файла.
Может будет постороний BSOD с совсем произвольным кодом.
Может BSOD'ов не будет, а будут косяки в программах.
А может вообще никаких заметных пользователю эффектов не будет.