Котяра, не знаком с работой этих вирусов, но чтение
Solved: Batch file to hide/unhide a folder - Tech Support Guy Forums наводит на мысль, что скрытые делаются не скрытыми и наоборот. C файлами происходит аналогично?
Тогда нужен чуть более интеллектуальный скрипт, который будет менять атрибуты на противоположные в зависимости от текущих. Он есть в указанной теме.
Или всё-таки тупо все папки делаются скрытыми, а файлы не трогаются?