Самое простое —
Net services commands. Вас будут интересовать:
Код:

net start <имя службы>
net stop <имя службы>
NB! При остановке службы будут остановлены и все зависимые от неё.
Есть варианты с использованием
sc.exe или
wmic.exe, например:
Код:

wmic.exe Service where "Name = 'messenger'" call StopService
sc.exe Start messenger