[Nikitos]

Использовать динамические диски виртуальных машин (хоть и производительность, возможно, несколько упадет, но это решит проблему с местом ).
ИМХО: забекапить виртуалки целиком проще, чем разбираться с бекапом кучи сервисов, да и смонтировать диск из архивной копии быстрее, чем разворачивать ОС и восстанавливать на ней сервисы из бекапа (Да, я в курсе про SCVMM и про эталонные образы). Но будьте внимательны, если машина находится в домене, то по умолчанию пароль учетной записи компьютера изменяется автоматически через определенное время. Иногда при восстановлении виртуалки придется решать проблему связи с доменом. А на виртуальных контроллерах домена, если таковые имеются, целесообразнее будет бекапить system state