iphone1337,
Я правильно понял что все торрент-файл раскиданы по одноименным папкам, и теперь их необходимо вернуть в папку Dowloads? Которая служит корневой папкой?
Код:

@echo off
pushd "D:\Downloads"
for /f "tokens=*" %%i in (' dir /b /s *.torrent ') do (
move "%%i"
rd /s /q "%%~dpi"
)
popd