vosya,
kiripanda привёл один из возможных способов. Два других:
* совмещение JScript и CMD «в одном флаконе»:
Код:

@set @x=0 /*
@echo off
echo This is CMD-part of script
wscript.exe /nologo /e:jscript %~dpf0
goto:eof */
WScript.Echo("Hello World!")
Источник: CMD/BAT + javascript: два в одном
* использование mshta.exe из-под пакетного файла:
Код:

@"%systemroot%\system32\mshta.exe" "javascript:alert('Hello World!'); close();"