smock, Давайте тогда так
Выполняете такой скрипт. Он отключает автозапуск со всех устройств кроме CD\DVD-приводов
Код:

begin
RegKeyIntParamWrite('HKLM','SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer','NoDriveTypeAutoRun', 223);
RebootWindows(true);
end.
Потом вставляете флешку и начинаете проверку, не бойтесь. Но если переустановите, всё равно выполните сперва скрипт, и лишь потом можете вставлять флешку.