[GhostKU]

Тогда однозначно Trid - База большая, умеет работать с командной строки. Можно написать скрипт перебора всех файлов в подпапках, а можно, как говорили выше, воспользоватся Total Commander'ом
Добавляете кнопку Trid на панель TC
В строке Параметры пишите %P%S -ae и готово теперь если на панели ТС выделить неизвесные файлы и нажать кнопку Trid то программа автоматически присвоит им расширения согласно своих догадок.