a3at07, пока видится два варианта:
1) Что-то в автозагрузке удаляет раскладку.
Можно посмотреть лог
HijackThis.
2) Раскладка не регистрируется в системе из-за кривых разрешений в реестре.
Можно взять
RegMon и отследить ошибки доступа. Запускаете RegMon -> меню Options -> Filter/Highlight -> снимаете галку Log Successes. Далее пытаетесь установить раскладку и смотрите в RegMon, где ошибка.
Лог сохраняется в меню File -> Save As.
P. S. Еще попробуйте Пуск -> Выполнить ->
Код:

regsvr32 msimtf.dll
regsvr32 msctf.dll
regsvr32 msutb.dll