Можно пойти двумя путями:
1) Прописать все что хотим в таблице
Property нашего MSI-файла
Кстати, параметр CDCACHE там уже присутствует, а остальные добавить вручную при помощи
Orca не составит труда.
Кстати, кому очень хочется, может таким же образом прописать в эту таблицу свой PIDKEY и его больше не придется указывать в Setup.ini или вводить вручную или из командной строки.
2) Обратившись к справке
msiexec /? видим следующее
Код:

...
Настройка общих свойств
[PROPERTY=PropertyValue]
...
Это как раз говорит о том что параметры можно смело передавать через командную строку, например так
Код:

msiexec /i pro11.msi PIDKEY=12345678901234567890122345
Так что пробуем и смотрим что получится...