word вставляет в открытом виде только то, что может отредактировать внутри себя. Для редактирования флэша нужна внешняя программа, которая очевидно несовместима с word, поэтому он сует только в своем формате, понятном только себе, ну и м.б. еще IE (и то, далеко не все специфические теги ворда понимает IE, тем более, что они, как правило, к стандарту html никакого отношения не имеют.
Засунуть флеш-ролик в тело хтмл-письма возможно, если создавать письмо скриптом вручную, с учетом заголовков MIME, но все равно воспроизвести ролик смогут не все почтовые программы... так что остается только отправлять в виде вложения.