Все, я разобрался, синтаксис был у меня правильный. Оно матюкалось на комментарий. Его там ставить нельзя было.
Неправильно:
CreateShortCut "$DESKTOP\blablabla.lnk" "$INSTDIR\blablabla.exe" \ ;Мой коммент
"-freq $freq" "$INSTDIR\blablabla\blablabla.ico" 0 SW_SHOWNORMAL \
ALT|CONTROL|SHIFT|F5 "запустить blablabla"
Правильно:
;Мой коммент
CreateShortCut "$DESKTOP\blablabla.lnk" "$INSTDIR\blablabla.exe" \
"-freq $freq" "$INSTDIR\blablabla\blablabla.ico" 0 SW_SHOWNORMAL \
ALT|CONTROL|SHIFT|F5 "запустить blablabla"
Все получилось
