[Martyr]

Отключение хелперов в моём случае решило проблему лишь от части. В дальнейшем ситуация повторялась либо с другими тредами explorer.exe либо нагрузку (до 50%) давал процесс services.exe, при этом отключал тоже всё и вся что под руку попадало но безрезультатно, в итоге я решил не заморачиваться и переустановил ОС.
Результат: система работает всего неделю, программ установлено не много и переходы между папками снова стали не очень быстрыми, точно такая же ситуация как и у Вас... до 50% подскакивает нагрузка. Очевидно что причиной этого является "какой-то" софт, либо драйверы. В сети часто натыкался на информацию, что причиной таких тормозов может быть программа DAEMON-Tools и ей подобные.
ps: на "свежеустановленной" ОС папки открывались значительно быстрее.