Сделал, пользуйте...
Код:

//---------------------------------------------------------------------------
#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <dos.h>
#include <vcl.h>
#pragma hdrstop
#pragma argsused
int main(int argc, char* argv[])
{
char sim[63]; // максимально возможная длина числа
int a, b, eatt=0, numa=0,numb=0,
numstr[1000]; // количество чисел в каждой строке
double number[1000][100]; // массив всех чисел, построчно
FILE*fp1;
if ((fp1=fopen("1397000.txt", "r"))==NULL) // считывание чисел из файла 1397000.txt
{
printf ("not file");
return 0;
}
do { //*******
fscanf(fp1, "%c", &sim[eatt]);
do //*
if ( sim[eatt]=='0' || sim[eatt]=='1' || sim[eatt]=='2' || sim[eatt]=='3' ||
sim[eatt]=='4' || sim[eatt]=='5' || sim[eatt]=='6' || sim[eatt]=='7' ||
sim[eatt]=='8' || sim[eatt]=='9' || sim[eatt]=='.' || sim[eatt]=='-')
{eatt++; fscanf(fp1, "%c", &sim[eatt]); } else break;
while (true); //*
if (sim[eatt]==' ') {number[numa][numb]=atof(sim); numstr[numa]=numb; numb++; eatt=0;}
if (sim[eatt]=='\n') {number[numa][numb]=atof(sim); numstr[numa]=numb; numb++; eatt=0; numa++; numb=0;}
} //*******
while (!feof(fp1)); //*******
fclose(fp1);
// ввод всех преобразованных чисел (в double) в файл 1397001.txt
FILE*fp;
fp=fopen("1397001.txt", "w");
for (a=0; a<=numa-1; a++)
{
for (b=0; b<=numstr[a]; b++)
fprintf (fp,"%f ",number[a][b]);
fprintf (fp,"\n");
}
fclose(fp);
return 0;
}
//---------------------------------------------------------------------------