Попробуйте наподобие такого:
Код:

@echo off
set sKey=HKCU\Software\Microsoft\Internet Explorer\TypedURLs
for /f "delims= " %%i in ('reg.exe query "%sKey%" ^| find /i "www.microsoft.com"') do (reg.exe delete "%sKey%" /v "%%i" /f >nul)
Будут убраны все упоминания о «www.microsoft.com».
Вопрос лишь в том, будут ли работать параметры, лежащие ниже удаляемых? Допустим, мы нашли и удаляем параметр «url15», останутся ли после удаления рабочими значения из «url16», «url17», «url18» и т.д.? Не проверял.