У меня нет сейчас возможности прверить с двумя машинами, но, по идее
PHP код:

startx -- :xxx.xxx.xxx.xxx :n
где xxx.xxx.xxx.xxx - это ip удаленного сервера, n-номер дисплея
Кстати. есть гораздо более щадящий вариант:
PHP код:

позволит Вам из открывшейся консоли запускать X-программы удаленной машины