[XXXX Pro]

Вообще, Windows 98 SE при установке может обнаружить загрузчик Windows 2000 и тогда сам дописывает все необходимое  boot.ini, поэтому ничего вручную редактировать необязательно.
Работать вместе они будут вполне нормально (за очень редким исключением), но все программы придется устанавливать по два раза.

Полный текст Boot.ini для Himera:
[boot loader]
timeout=5
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
C:\="Windows 98 MustDie"
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Windows 2000 Pro" /fastdetect