volk1234,
1) А зачем делать админ точку, если интегратор сам ее сделает?
2) Чем отличается Service Pack от других обновлений, что его надо интегрировать отдельно?
3) В папку
ADD можно так же положить любые файлы - лишние запакованы не будут

Конвертор документов я лично ложу именно туда

4) Папка
MSP создастся сама, вручную создавать не обязательно.
P.S. Мануал конечно нужен, но интегратор сам многое из того, что написано умеет...
Батник посмотрю. Запустить интегратор можно попробовать командой
Start в которой можно указать рабочую папку.
P.P.S. Готовится к выходу следующая версия, которая не мешает работе за компьютером выскакиванием различных окон
во время интеграции обновлений.