[Stayshayder]

Обычно программы для изменения интерфейса Windows создают бэкап тех файлов, которые они изменяют.

Далее действуем следующим образом:
1) Находим папку с этим бэкапом (в ней будут не изменённые файлы);
2) Находим в Windows файлы, которые были изменены (список их мжно взять из бэкапа) и копируем их в отдельную папку;
3) Запаковываем каждый изменённый файл;
4) Заменяем оригинальные файлы в дистрибутиве Windows изменёнными.

После этого Windows будет устанавливаться сразу с изменёнными файлами.