Всё равно мигает - только быстрее пропадает
"Полный" пример вот.
Код:

Opt("WinWaitDelay", 0)
;~ .....................................
$PasswordBufer = 1
$DecodePasword = 123456
$WindowCert = 1
$WindowConn = 1
While 1
If $WindowCert = 1 Then ; Окно сетрификата
If WinExists("Предупреждение системы безопасности","") Then
WinSetState("Предупреждение системы безопасности", "", @SW_HIDE)
ControlClick("Предупреждение системы безопасности", "", "[CLASS:Button; INSTANCE:1]")
EndIf
EndIf
If $WindowConn = 1 Then ; Окно подключения
If WinExists("Подключение к stat.****.net","") Then
WinSetState("Подключение к stat.****.net", "", @SW_HIDE)
If $PasswordBufer = 1 Then ; вставлять автоматически
Send($DecodePasword)
EndIf
;~ WinSetState("Подключение к stat.****.net", "", @SW_HIDE)
ControlClick("Подключение к stat.****.net", "", "[CLASS:Button; INSTANCE:2]")
EndIf
EndIf
;~ .......................................
Sleep(250)
WEnd