[DJ Mogarych]

rodg08, всё правильно. Сжатое видео режется по ключевым кадрам (К). Если будете резать в другом месте, то метка автоматически переместится к ключевому кадру, следующему за вашей линией отреза. Поэтому и остаются хвосты. В VirtualDub по ключевым кадрам можно перемещаться с помощью комбинаций Shift+стрелки влево-вправо.
Другие программы будут поступать точно так же, как и VirtualDub, потому что другого способа не существует.