Artem-Samsung, делал так:
1 отправляется запрос на получение первой страницы с водом логина и пароля
2.1 анализ результат: авторизировался или нет
2.2 анализ результат: есть новые сообщения или нет - в html находится через рег. выражения строка "сообщения (хх)", если такой нет, то продолжить мониторить
3 отправка запроса на получение mail страницы, если есть новые сообщения
4 анализ результат: выбор из html страница нужного текста и ссылок
5 далее сообщение пользователю: мигание в трее и т.д.
ссылка:
http://vkontakte.ru/club8267998
а можно, как сказал
Delirium, делать - все как вам удобней.