Думаю, что можно прямо в консоли с помощью diskpart пометить нужный раздел активным. Проверить, поддерживаются ли все его параметры в консоли, мне не на чем сейчас, но примерно так должно выглядеть
Код:
diskpart
list disk
select disk N
active
N - номер диска, который нужно пометить активным.
