[benya]

Ничего не понял Обьясните конкретнее.

[mrcnn]

Примерно таким образом

Код:

open (INPUT, "master.txt");
while(<INPUT>)
{
chomp($_);
$link=$_;

<... указанный вами код...>

}
close (INPUT);

Вообще сайт и директорию лучше указывать в master.txt, а не вводить вручную, чтобы скрипт сам вычленил из ссылки вида http://localhost/home/1.php смысловые части, например:
$link=~/(.*?)\:\/\/(.*?)(\/.*\/)(.*)/;
$site=$2; #localhost
$path=$3; #/home/
$file=$4; #1.php