[DVDshnik]

Вполне возможно, что ОС требуется переустановить, запустив setupcor.exe из дистрибутива.
Однако может быть и так, что в файле Msdos.sys прописано BootGUI=0, а должна быть 1.

[APOSTOL]

То, что при загрузке с Системной дискеты на чёрном экране белыми буквами написано

Windows 98 SE A:\ _

ещё не значит, что это 98 загрузился. Это огрызок DOS, который тебе предоставила Системная дискета, сформированная внутренними средствами 98-го, о чём она и хвастается. Нет там никакого Эксплорера.
На С: он есть, но теми средствами, которые стартовали с Системной дискеты, его пока не запустить.

Попробуй сыграть после загрузки с Системной дискеты в игрушку типа

A:\sys a: c:

[yurfed]

Загузись со своей дискеты, напиши С:\WINDOWS\win (это при условии что у тебя такой же путь) и жмай ENTER. Если ничего не произойдёт, то читай дальше.
Проверь FDISK'ом что основной раздел стоит как АКТИВНЫЙ.

На всякий случай содержимое Msdos.sys. Если файла нет (вооще-то дискетка имеется, но там в msdos.sys одна строка ";FORMAT"), то создать любым текстовым редактором, либо пиши в дос-консоли:
copy con:msdos.sys жми Enter. Далее набиваешь приведённый ниже жирным текст. Завершить набор комбинацией "CTRL+Z".
Незабыть присвоить - Только чтение, системный, скрытый коммандой attr +h +s +r


;FORMAT
[Paths]
WinDir=C:\WINDOWS
WinBootDir=C:\WINDOWS
HostWinBootDrv=C
;
[Options]
BootGUI=1
;
;The following lines are required for compatibility with other programs.
;Do not remove them (MSDOS.SYS needs to be >1024 bytes).
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxa
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxb
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxc
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxd
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxe
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxf
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxg
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxh
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxi
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxj
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxk
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxl
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxm
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxn
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxo
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxp
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxq
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxr
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxs
;
WinVer=4.10.2222


PS
;The following lines are required for compatibility with other programs.
;Do not remove them (MSDOS.SYS needs to be >1024 bytes).

Это можно не писАть. Лишь бы файл оказался не меньше 1024 bytes.

[MaxCmd]

Спасибо вам! Уже получилось. Проблема была в MSDOS.SYS, как вы сказали.

[ShellL]

да я так и хотел сказать, при использовании sys.com - ставится чистый DOS - заменить MSDOS.sys с рабочей 98ой

[yurfed]

ShellL Ну ты вовремя сказал

[ShellL]

offtop: как увидел, раньше в этот раздел не заходил, извеняюсь

[DVDshnik]

Да чё там, извЕняем...

[yurfed]

Blast, Ну что, пора закрывать тему. Все всё решили.