[fossil]

Я переношу систему очень просто:
1. Загружаюсь под каким-нибудь livecd
2. Разбиваю винчестер (новый)
3. Монтирую оба винта (один с системой)
4. Копирую все в нужные разделы
5. Правлю fstab и пересобираю lilo (предварительно сменив рут)
Enjoy, и никаких специальных прог.

[XPurple]

4. Копирую все в нужные разделы

Чем копируете ?
Здесь поподробней

[fossil]

Обычно на livecd есть Midnight Commander, вот им.

[XPurple]

а dump & restore не пойдет ?
После переноса разделов на 2-й винт, 2-й винт не стартует, останавливается на надписи LI

[xoomer]

XPurple
а lilo? Правильно выставил пути?
Во всём поддерживаю fossil. Я лично пользуюсь для подобных случаев LindowsCD 4.0.

[fossil]

После переноса разделов на 2-й винт, 2-й винт не стартует, останавливается на надписи LI

Нужно пересобрать lilo (или какой-то другой зайгрузчик), затем отредактировать /etc/lilo.conf и сказать lilo для записи всех данных в mbr.

[xoomer]

fossil - ты прямо конкретизировал всё что я сказал.

[XPurple]

Да, дело было в Lilo.
Один момент меня смущает, что при запуске с нового винта выдается сообщение при запуске fdisk-а

The number of cylinders for this disk is set to 9729. There is nothing wrong with that, but this is larger than 1024 and could in certain setups cause problem with
1) software that runs at boottime (e.g. , old versions of Lilo)
2) booting and partitioning software from other OSs...

Warning: ignoring extra data in partition table 5

То что смущает, выделил жирным шрифтом

[fossil]

The number of cylinders for this disk is set to 9729. There is nothing wrong with that, but this is larger than 1024 and could in certain setups cause problem with 1) software that runs at boottime (e.g. , old versions of Lilo) 2) booting and partitioning software from other OSs... Warning: ignoring extra data in partition table 5

Похоже это ты открыл cdrom в fdisk'e. Посмотри внимательно /dev