[El Scorpio]

2. Нормально ли должен ужиться контроллер домена с поднятой на нем ролью Hyper-V? »

Не знаю. Но лучше хост-систему для виртуальных машин оставить "чистой", а все задачи вынести в виртуальность.

Вы можете по одной лицензии Windows 2012 Std в рамках одного физического сервера использовать целых три системы: одну физическую систему с ролью Hyper-V и всем ПО, необходимым для работы этого компьютера (без предоставления прочих ролей другим компьютерам) и две виртуальных машины; две виртуальных машины с любыми другими ролями.

1. Сделайте на сервере №2 виртуальную машину, введите её в домен, поднимите до уровня контроллера домена, передайте ей все функции.
2. Выведите сервер №1 из домена, переустановите систему, настройте роль Hyper-V
3. Сделайте перенос виртуальной машины контроллера домена с сервера №2 на сервер №1

Итого у вас появилось два сервера Hyper-V, на которых вы можете создать 4 виртуальных машины.
Вы можете создать на сервере №2 виртуальную машину со вторым контроллером домена (для надёжности работы). А на второй виртуальной машине сервера №1 - резервный SQL, который будет получать репликации с первого.
В этом случае система будет сохранять работоспособность при выходе из строя любого сервера.

1. Лицензирование: по лицензии WinSrv 2012 R2 Std OLP я могу сделать даунгрейд до 2008 R2 std/ent. Имеются ли с лиц.точки зрения какие-либо ограничения на кол-во виртуальных процессоров, которые я могу отдать VM? »

У вас лицензия Windows Server 2012 STD, а не на Windows 2008. Как следствие, все положения лицензии на Windows 2012 действуют даже при использовании Windows 2008.