[okshef]

Как определить, является проблема системной или вызвана сторонней службой или приложением

[Petya V4sechkin]

Как вычислить что это такое?

• [решено] Сворачиваются полноэкранные приложения
• [решено] Включение и отключение неизвестной программы

Во второй ссылке описана простая методика, по которой можно отловить периодически запускающийся процесс.

[yurfed]

стало появляться на мгновение какое-то приложение в панели задач »

Дайте пожалуйста лог HiJackThis чтобы иметь хоть малейшее представление что у вас там в действительности.

[prickly34]

Самое "ленивое", что можно попробовать сделать - это установить и запустить вот эту программу: http://www.malwarebytes.org/mwb-download/
чтобы проверить, не завелась ли у Вас какая-нибудь гадость.