[Kent]

openSUSE на уровне ядра отличается.

[Naiad]

Патчи разные накладывают на ядро

[DJ Mogarych]

Сегодня отличаются, фактически, названиями и "скинами" рабочего стола.
Чем дальше, тем больше будет унификация.

[mar]

Ну по крайней мере:

• изменениями в ядре

• библиотеками

• идеологией установки (сравн. gentoo с его возможностью, как во freeBSD установить саый минимум и потом дособирать то, что нужно и, например, suse, где сразу ставится
  • несколько
  избыточная система, ну, или debian, где по крайней мере раньше можно было и так, и этак (хотя и с пакетами, а не с компиляцией, как в gentoo)

• системами управления пакетов

Естественно, есть и менее глобальные отличия вроде:

• сценариями установки дистрибутива

• дефолтными настройками безопасности и связанными с этим программами и прочим

• предлпгаемого по умолчанию оконного мененджера

• предлагаемым изначально набором программ

• наборами программ в репозитариях

• дизайном

[User15]

Red Hat (Fedora) довольно сильно патчат ванильное ядро, насколько мне известно. Плюс в разных дистрибутивах по-разному kernel собирается, что влияет на количество поддерживаемого оборудования искаробки.