[Leshiy]

MKVtoolnix англоязычная, но интуитивная и функциональная... The newest version can always be found at
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/

[Baiker]

Прога то ничего, но никак не хочет читаться добавленная аудио дорожка PCM

[starl]

VirtualDubMod, нормально работает с MKV

Особенности этой программы заключаютcя в возможности работать с расширенным количеством типов видео файлов и звука. В отличии от VirtualDub, VirtualDubMod может окрывать не только файлы AVI и MPEG -1, но и VOB , MPEG -2, OGM , Matroska -MKV, а так же поддерживает множество звуковых форматов: AC3, WAV, MP3, Ogg Vorbis , DTS , SRT files ( ASCII / Unicode ). Одним из самых главных отличий от VirtualDub, является возможность работать со множеством аудио потоков, т.е. в AVI файл можно добавить несколько звуковых дорожек в разных форматах, так же поддерживается и открытие подобных файлов с DVD – VOB.

Ей вытащите дорожку с одного и вставьте в другой, удалив старую(по желанию можно и оставить), времени на все уходит минимум.

[Baiker]

VirtualDubMod пока не пробовал, но попробую отпишусь.
А какая прога может конвертировать из *.mkv в *.avi? Что-то уж видеофайл тормозит на моём компе. Звук идёт вперёд видео.