[A.A.Z.]

test009, попробуйте для каждого скрипта экзешник AutoHotkey переименовать, чтобы они все разные были
Если вдруг экзешники и имена у них уже и так разные, можно с помощью ResHacker поменять у них заголовок (вместо AutoHotkey Unicode 64-bit поставить Script 1, Script 2, и т.п.)

В противном случае не получится - тот же Chrome запускает кучу процессов с разной командной строкой, но Windows их считает, естественно, за одно приложение

[test009]

Дело в том, что скрипт - это просто текстовый ahk-файл, который при запуске подается как параметр для одного и того же приложения AutoHotkey.exe.
C:\Program Files\AutoHotkey\AutoHotkey.exe "C:\script1.ahk"
C:\Program Files\AutoHotkey\AutoHotkey.exe "C:\script2.ahk"
C:\Program Files\AutoHotkey\AutoHotkey.exe "C:\script3.ahk"

Но направление мысли понял, подумаю.

[Vadikan]

Можно ли как-то понять, кто именно из этих 15 штук грузит систему больше всего? »

Методом половинного деления. Убираете половину, работаете сутки и смотрите отчет.