[mwz]

с возможностью смещать относительно друг друга файлы? »

Работайте на копиях файлов и смещайте одну копию относительно другой добавлением в начало той, которую надо сдвинуть вниз, нужного количества хотя бы нулей.
Ну и протокол самому вести: в какой и сколько добавили (или убрали — если надо сместить вверх, а нули уже были добавлены).

[Profile]

Цитата mwz:
смещайте одну копию относительно другой добавлением в начало той, которую надо сдвинуть вниз, нужного количества хотя бы нулей »
это не реально,
дампы занимают около 200MB, путем сравнения я ищу нужный мне кусок в обоих, он как правило занимает не больше одного мегабайта и может находиться как в начале, так и в середине, и в конце дампа.

[Busla]

дампы занимают около 200MB, путем сравнения я ищу нужный мне кусок в обоих »

визуально?!
Иначе не очень понятен смысл двиганья. Опишите подробнее: что вы делаете и для чего?
Может вам проще два hex-просмотрщика рядом открыть - независимо найдёте по шаблону начало своего фрагмента, а дальше двигайте как пожелаете.

это не реально, дампы занимают около 200MB, »

"нужный кусок", наверное, имеет какие-то формальные признаки - не проще ли его извлекать из обоих файлов и работать уже только с необходимыми вам данными, а не с оригинальными огромными дампами?