[Dimon]

Нет ли лишнего пробела в конце строки исключения *jpg ? exclude-from читается "как есть" и пробел в конце будет интерпретирован как дополнительный символ к шаблону.
Регистр файлов jpg не различается ли? Например, при загрузке фотографий с фотоаппаратов они могут быть в верхнем регистре - *.JPG

[man8531]

пробела нет. оставлял совсем одну маску и переставлял местами. фильтрует только на один уровень вниз в каталоге, хотя параметр а подразумевает рекурсивный вход в каталоги. регистры пробовал менять - не помогло.

[Dimon]

Debian-9.5, rsync version 3.1.2 protocol version 31

Код:

#~: ls -R /tmp/1
11  12
./11:
111  1.jpg  2.jpg
./11/111:
1.gif  1.pdf  3.jpg
./12:
4.jpg

Код:

#~: cat excl
- *.jpg

Внимание: пробел между "минусом" и шаблоном

Код:

#~: rsync -a --exclude-from excl /tmp/1/* /tmp/2
#~: ls -R /tmp/2
11  12
./11:
111
./11/111:
1.gif  1.pdf
./12:

Все отработало как положено.
Кстати, только сейчас заметил: в вашем файле исключений *.jpg идет последней строкой - после нее есть перевод на новую строку?