[Ivan Bardeen]

Безусловно объединяйте. Деление на сайты необходимо, когда между сегментами сети медленная связь. А у вас как я понял между двумя сайтами, что в одной серверной - как минимум 100Мбит
А происходить будет то, что обычно происходит между сайтами. Т. е репликация по расписанию

[Michael]

Определение сайта (Петр Шетка, Microsoft Windows Server 2003. Практическое руководство
по настройке сети)

Сайт определяется как группа компьютеров (точнее, IP-подсетей), связан- ных высокоскоростной линией. Под высокой обычно понимают скорость, характерную для локальных сетей (10 Мбит/с и выше). То есть, если у вас в центральном офисе все компьютеры объединены в сеть со скоростью 100 Мбит/с, то с точки зрения домена Active Directory это один сайт. Другое подразделение, подключенное к головному офису линией 128 Кбит/с, будет другим сайтом. Понятие сайта введено для контроля сетевого тра- фика, относящегося к синхронизации каталога, и обеспечения доступа пользователей к локальным ресурсам для снижения загрузки сети.

Одна из характеристик сайта активного каталога — возможность опреде- лять время, когда должна проходить репликация доменной информации. Хотя в пределах сайта интервал составляет 15 секунд и изменению не подлежит, параметры репликации между сайтами вы, как администра- торы, можете определять сами.

Планирование топологии сайтов

Репликация Active Directory и сайты